از پدرش درخواست کرده بود برایش دعا کند که اولاً شهید بشود، ثانیاً در هواپیما شهید بشود و ثالثاً هواپیمایش چندان صدمه‌ای نبیند و سالم به زمین بنشیند! درخواست او مورد اجابت درگاه حضرت حق قرار گرفته بود و او در روز جمعه‌ای که عید قربان بود، به هنگام ظهر زمانی ‌که از یک عملیات جنگی برون‌مرزی برمی‌گشت، با اصابت توپهای زمین به هوا، در داخل هواپیما شهید می‌شود و هواپیما با تلاش خلبان کابین جلو، سالم به ‌زمین می‌نشیند!
شهید بابایی چند لحظه قبل از شهادت، در گفتگو با خلبان کابین جلو، زمانی‌که به مناظر اطراف نگاه می‌کرد، اظهار ‏داشته بود: «اینجا چقدر زیباست، مثل بهشت می‌مونه!» شاید قبل از شهادت، بهشت را مشاهده می‌کرد.